Lorsqu'André Martinet rentre en France, en 1955, il obtient à la Sorbonne la chaire de linguistique générale. Il n'y a plus de chaire de phonologie à l'École pratique des Hautes Études mais on y crée pour lui, en 1957, une Direction d'études de linguistique structurale.

Dès lors, outre l'enseignement élémentaire qu'il assure à la Sorbonne et qui aboutit à la publication en 1960 des Éléments de linguistique générale, traduit aujourd'hui dans près de vingt langues, André Martinet forme de nombreux chercheurs dans ses séminaires à l'École pratique des Hautes Études et dirige des thèses de doctorat portant sur les langues les plus variées.

La multiplication de ses tâches administratives ne ralentit guère sa production scientifique. En 1965, il fonde la revue La Linguistique conçue essentiellement comme tribune du fonctionnalisme linguistique.

L'activité scientifique d'André Martinet apparaît comme étroitement liée au développement de la linguistique contemporaine. Sa vision linguistique, ramassée dans la définition qu'il a donné d'une langue, correspond à une élaboration positive qui s'est faite constamment en contact avec la pensée d'autrui, mais rarement sous sa pression directe. «En méditant philosophiquement sur chaque notion», écrit Bachelard, «on verrait aussi plus clairement le caractère polémique de la définition retenue, tout ce que cette définition distingue, retranche, refuse». Un examen attentif de la définition proposée par André Martinet révèle que, malgré son caractère positif, non polémique, cette définition est en fait oppositive et marque à chaque point sa différence à l'égard de telle ou telle théorie.

«Une langue», écrit-il, «est un instrument de communication selon lequel l'expérience humaine s'analyse, différemment dans chaque communauté, en unités douées d'un contenu sémantique et d'une expression vocale, les monèmes ; cette expression vocale s'articule à son tour en unités distinctives et successives, les phonèmes, en nombre déterminé dans chaque langue, dont la nature et les rapports mutuels diffèrent eux aussi d'une langue à une autre».